امام باقر(ع) در ۱ رجب سال ۵۷ قمری در مدینه به دنیا آمد. برخی ولادتش را ۳ صفر همان سال نقل کرده‌اند. این امام بزرگوار در سال ۹۵ قمری پس از شهادت پدرش به امامت رسید تا زمان شهادت)سال ۱۱۴ق( به مدت حدود۱۸ سال امامت را بر عهده داشت. امام باقر(ع) جنبش علمی به وجود آورد که در دوره امامت فرزندش امام صادق(ع) به اوج خود رسید. در این عصر بود که شیعه تدوین فرهنگ خود -شامل فقه و تفسیر و اخلاق- را آغاز کرد پیش از امام باقر(ع)، نظرات فقهی شیعه، محدود بود. سستی پایه‌های حکومت امویان، برای امام باقر(ع) و نیز امام صادق(ع) زمینه‌ای را فراهم آورد که برای سایر ائمه(ع) فراهم نشد. مقام معظم رهبری در این زمینه بیان می دارند که امام باقر(ع) در طول بیست سال دوران امامت پر بار خود خود دانش دین را گسترش داد، حکمت و درس قرآن واحکام را به همه جا رساند، داعیه تشیع را که داعیه حکومت اسلامی و تشکیل ولایت علوی است به همه جا فرستاد و نفوذ داد و مردم زیادی را متوجه خود کرد، دشمنان خودش را سر شکسته و منکوب کرد و دوستان خودش را متشکل کرد و زمینه را برای دوران امامت امام صادق (ع) آماده کرد. سرانجام امام باقر(ع) را در ۵۷ سالگی و در ۷ ذی‌الحجه سال ۱۱۴ هجری قمری به شهادت رسیدند. شهادت این امام عزیز در دوران خلافت هشام بن عبد الملک رخ داده است چرا که هشام از سال ۱۰۵ تا سال ۱۲۵ قمری خلیفه بود. بعضی از منابع، شخص هشام بن عبدالملک را عامل شهادت او دانسته‌اند. برخی ابراهیم بن ولید را عامل مسمومیت وی معرفی کرده‌اند. امام باقر(ع) وصیت کرده بود در لباسی که در آن نماز می‌خوانده دفن شود.این امام همام در قبرستان بقیع، کنار مرقد پدرش امام سجاد(ع) و عموی پدرش امام حسن(ع) دفن شد.